إن ملف النفايات اتصل به القضاء وتعهد بالبحث في ملابساته، وقد أصدر تعليماته في هذا الاطار بالابقاء على  212 حاوية قيد الحجز حتى انتهاء التحقيقات، وعندها سيقول كلمته الفصل في هذا الموضوع الذي كانت له العديد من الاستتباعات، لعل أبرزها عزل وزير البيئة والشؤون المحلية وإيداعه السجن. 
هذا وشدد المشيشي على أن الدولة التونسية متمسكة بحقها إلى آخر لحظة من أجل ترحيل هذه  النفايات وإعادتها إلى ايطاليا لاسيما وأن هنالك اتفاقيات دولية تنظم عملية  توريد و تصدير النفايات وفق تأكيده.