يذكر أن الرئيس الجديد للهيئة الذي خلف العميد شوقي الطبيب عيّن بمقتضى أمر حكومي موقع من قبل رئيس الحكومة السابق إلياس الفخفاخ، وقد رفض الطبيب الامتثال للقرار وقام بالطعن في قانونيته أمام أنظار القضاء الإداري وراسل في الغرض رئاستي الجمهورية ومجلس نواب الشعب.