وتحل الوكالة، حسب نص المرسوم، محلّ كل من الهيئة الوطنية للتقييم وضمان الجودة والاعتماد والهيئة الوطنية لتقييم أنشطة البحث العلمي على ان يتم الحاق جميع العاملين فيهما بالوكالة مع المحافظة على النظام القانوني الذي يخضعون له في إداراتهم الأصلية.
وتتمتع الوكالة، حسب نص المرسوم بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي، وتخضع لإشراف وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ويكون مقرها بتونس العاصمة وتخضع في علاقتها بالغير للتشريع التجاري.
ويتولى تسيير الوكالة مدير عام يتم تعيينه بأمر رئاسي، باقتراح من الوزير المكلف بالتعليم العالي والبحث العلمي من بين أساتذة التعليم العالي أو الرتب المعادلة، ويتم اختياره عن طريق التناظر باعتبار كفاءته وإشعاعه العلمي والأكاديمي وخبرته في المجالات ذات العلاقة بمهام الوكالة، حسب المرسوم.
وتتولى الوكالة، التي تتمتع في إطار أداء مهامها بكامل الحياد والاستقلالية، تقييم الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العمومية والخاصة والمؤسسات العمومية للبحث العلمي، وتقوم باسناد الاعتماد لمؤسسات التعليم العالي والبحث العمومية والخاصة الوطنية والدولية أو لبرامجها التكوينية بناء على طلبها وكذلك تعليق أو سحب الاعتماد.
كما يعهد للوكالة عمليات تقييم نجاعة التمويل العمومي لبرامج ومشاريع البحث والتجديد حسب الأولويات الوطنية والقطاعية وتقييم ملفات الترشح لتحويل صبغة الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث والمؤسسات العمومية للبحث العلمي إلى الصبغة العلمية والتكنولوجية.
وتتكون الموارد المالية للوكالة من الاعتمادات والمنح المسندة من قبل الدولة والهبات والوصايا والمعاليم المتعلقة بالخدمات التي تسديها كما يمكن لها في إطار القيام بمهامها وبعد موافقة سلطة الإشراف تقديم المساعدة الفنية وإسداء خدماتها بالخارج بمقابل.